每天学习一点R：2.扩展包的安装

R的扩展包

上一期我们对R语言进行了介绍，基本的R语言软件中包含了R语言的所有基本命令，但是这些基本命令远不能满足用户无止境的需求，由于R语言的开源性，目前已经有了各种各样的R语言扩展包用于解决用户的各种需求，这些扩展包也正是R语言的精华所在。

扩展包的安装

使用一个扩展包中所包含的命令之前首先需要安装扩展包。

基本安装

大多数R语言的扩展包都已经整合到的CRAN中，此时我们应用R语言的扩展包安装命令即可进行安装。

install.packages("ggplot2")

同时安装多个扩展包时，用逗号进行间隔。

install.packages("ggplot2","vegan")

安装完成之后，需要载入扩展包才能使用其中包含的命令。

library("ggplot2")

有时在安装扩展包时会出现下载速度非常慢的现象，这大多是由于下载镜像的限制，在RStudio的Tools工具栏中选择Global Options选项，选择其中的Packages标签，在Primary CRAN repository一栏点击Change即可更改下载镜像，选择与自己距离较近的镜像地址即可。

Bioconductor

除了CRAN之外，许多与生物研究相关的扩展包被整合在Bioconductor中，Bioconductor中扩展包的安装方法如下：

• 旧版本的R

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("GenomicFeatures")

• 新版本的R

if(!requireNamespace("BiocManager",quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(c("GenomicFeatures","AnnotationDbi"))

GitHub

有时所需要的扩展包还处于开发状态或者是一些十分冷门的专用扩展包，这些扩展包通常开发者会将其发布在GitHub中。

• 已知开发者github用户名的扩展包安装：

install.packages("devtools")
library(devtools)
devtools::install_github("用户名/包名称“)

• 只知道扩展包的名称：

install.packages("githubinstall")
library(githubinstall)
githubinstall("包名称“)

手动安装

有时在安装扩展包时会出现应用命令安装失败的情况，此时可以手动搜索并下载扩展包的压缩文件，解压后放在R软件下的library文件夹即可。

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